La sección de las Órdenes religiosas y militares reúne la documentación procedente de las catedrales, iglesias y monasterios de Cataluña, que fueron sacadas de sus instituciones originales con las desamortizaciones del siglo XIX y otras circunstancias posteriores. Casi toda la documentación eclesiástica catalana quedó instalada en el Archivo de la Corona de Aragón, salvo algunos fondos que pasaron a formar parte del Archivo Histórico Nacional de Madrid, como el resto de las comunidades españolas.

Comprende dos series:

Órdenes religiosas. Sus fondos pertenecen en su totalidad a centros catalanes, por lo que carecen de interés para la historia de Aragón.

Órdenes militares. Sus fondos se dividen en dos:

La Orden de Santiaguistas de Barcelona.

La Orden del Hospital de San Juan de Jerusalén. Las propiedades del Reino de Aragón de esta Orden quedaron bajo el dominio de la Castellanía de Amposta, cuya documentación se había conservado en la Iglesia de San Juan de los Panetes de Zaragoza hasta la desamortización. No obstante, el Gran Priorato de Cataluña del Hospital, posee alguna documentación interesante para nuestra comunidad aragonesa por su estrecha relación política y económica. Así podemos encontrar sentencias arbitrales sobre jurisdicción de iglesias, diezmos… así como pleitos y contratos u arriendos.